در اجرای ماده 28 آئین‌نامه اجرایی قانون حمایت از شرکتها و مؤسسات دانش‌بنیان و تجاری‌سازی نوآوریها و اختراعات (واحدهای پژوهشی، فناوری و مهندسی مستقر در پارکهای علموفناوری می‌توانند در راستای انجام مأموریتهای محوله از مزایای قانونی مناطق آزاد درباره روابط کار، معافیتهای مالیاتی و عوارض سرمایه‌گذاری خارجی و مبادلات مالی بین‌المللی برخوردار شوند)، واحدهای فناوری (پژوهشی، فناوری و مهندسی) مستقر در پارکهای علموفناوری که با مجوز وزارت علوم، تحقیقات و فناوری ایجاد می‌شوند و در راستای انجام مأموریتهای محوله به فعالیت اشتغال دارند نسبت به درآمدهای حاصل از فعالیتهای مذکور در مجوز که صرفاً در پارکهای علموفناوری تحقق می‌یابد از تاریخ صدور مجوز توسط مدیریت پارک از معافیت مالیاتی موضوع ماده (13) قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری صنعتی مصوب 1372 و اصلاحیه‌های بعدی آن با رعایت سایر مقررات آئین‌نامه اجرایی ماده 47 قانون برنامه پنج ساله چهارم توسعه برخوردار خواهند بود.
حال باید پرسید ماده 13 قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری صنعتی چه می‌گوید؟
این ماده می‌گوید «اشخاص حقیقی و حقوقی که در منطقه به انواع فعالیتهای اقتصادی اشتغال دارند، نسبت به هر نوع فعالیت اقتصادی در منطقه آزاد از تاریخ بهرهبرداری مندرج در مجوز به مدت 15 سال از پرداخت مالیات بردرآمد و دارایی موضوع قانون مالیاتهای مستقیم معاف خواهند بود و پس از انقضای 15 سال تابع مقررات مالیاتی خواهند بود که با پیشنهاد هیئت وزیران به تصویب مجلس شورای اسلامی خواهد رسید.»
فصل دوم آئین‌نامه اجرایی ماده 47 قانون برنامه چهارم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی هم به صراحت گفته است که «واحدهای فناوری که در پارک علموفناوری به فعالیت اشتغال دارند نسبت به فعالیتهای مذکور از تاریخ صدور مجوز توسط مدیریت پارک از معافیت موضوع ماده 13 قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری صنعتی مصوب 1372 برخوردار خواهند بود.»
این بند که مصوب سال 1384 است همچنین می‌گوید کلیه واحدهای فناوری که در پارکها فعالیت می‌کنند، از پرداخت هرگونه عوارض معمول کشور معاف هستند.
معافیت قانونی مذکور صرفاً درباره فعالیتهای پژوهشی، فناوری و مهندسی مندرج در مجوز واحدهای فناوری مستقر در پارکهای علموفناوری موضوع ماده 9 قانون حمایت از شرکتها و مؤسسات دانش‌بنیان و تجاری‌سازی نوآوریها است و به فعالیتهای خارج از پارک و همچنین سایر شرکتهای تولیدی و صنعتی تسری ندارد.
نکته قابل توجه این است که در اجرای تبصره دو ماده 119 قانون برنامه پنجم توسعه، عدم تسلیم اظهارنامه مالیاتی در موعد مقرر قانونی موجب عدم برخورداری از معافیت مالیاتی در سال مربوطه خواهد شد؛ لذا کلیه شرکتهای دانش‌بنیان و مستقر در پارکهای علموفناوری باید اظهارنامه مالیاتی خود را در موعد مقرر به سازمان امور مالیاتی تسلیم کنند، گمان نکنند که چون معاف از مالیات هستند نیازی به تکمیل اظهارنامه ندارند.